太阳黑子与太阳其他部分由相同的物质构成。太阳是氢和氦的混合物（以及少量其他元素）。太阳黑子是完全相同的混合物。唯一的区别是太阳黑子温度较低：3500-4500 度，而太阳其他部分温度约为 6000 度。冷却是磁场的结果，而不是不同类型的物质。表面温度为 3500-4000 度的小恒星呈红橙色，比太阳暗得多。