我妻子有爱尔兰护照，但我只有英国护照。我知道我可以自由地和她一起旅行（或去见她），并且 90/180 天规则不适用，但当我进入或离开欧盟国家时，我的护照可能仍会被盖章。

没错。

如果我与妻子在西班牙呆了 90 天，在抵达和离开时护照上都盖了章，现在我想在没有妻子的情况下再次前往欧盟，我的情况会怎样？

显然你不被允许这样做。法规中没有任何内容说与妻子在一起的时间“不算数”。这与你在问题开头写的内容之间存在微妙但重要的区别。

该系统的逻辑是，你的妻子有很强的权利在任何欧盟国家停留（短期停留、长期停留、多次停留、改变停留时间等），她也有权让你，她的配偶，和她在一起。你在欧盟的行动自由是一项派生权利，旨在保障她作为欧盟公民的自由流动权利（特别是确保欧盟公民不会被迫在自由流动和家庭生活之间做出选择）。

因此，当您与她在一起（或加入她）时，90 天的限制不适用，提前停留不应成为障碍。反过来其实行不通（先和妻子住在一起，然后独自住）。当您不陪同或加入她时，您不是“根据欧盟法律享有自由流动权利的人”，您将回到申根边境法中定义的常规规则。

我如何证明前 90 天是和我的妻子在一起的？

我不知道边境警卫是否会非常关注此事，但如果我的分析正确，这毫无意义。证明你之前和妻子住在一起对你没有任何帮助。只有当你和她在一起时才会出现证据问题（因此毫无疑问应该受到欧盟自由流动规则的保护）。